http://pic.mbu.iisc.ernet.in/

蛋白质相互作用计算器（PIC）是可识别各种相互作用的服务器。 例如蛋白质内或复合物中蛋白质之间的二硫键，疏水相互作用，离子相互作用，氢键，芳族-芳族相互作用，芳族-硫相互作用和阳离子-阳离子相互作用。 它还确定可及的表面积以及残基与蛋白质表面的距离。 输入应为蛋白质数据库（.pdb）格式。 互动是根据经验或半经验规则集计算的。

疏水作用力分析

http://curie.utmb.edu/prosurf.html

InterProSurf ，

使用“ PDB Complex”选项查找蛋白质数据库中存放的蛋白质复合物结构中的界面残基使用

使用“User Complex”选项查找您感兴趣的蛋白质复合物中的界面残基

使用补丁分析和聚类预测单体蛋白质表面上的相互作用残基分析

https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/

PDBePISA是用于探索高分子界面的交互式工具。
   使用PDBePISA，您可以：检索整个PDB存档的预先计算的结果。
   以交互方式计算作为PDB或mmCIF文件上传的结构的结果这些计算的结果包括：大分子表面和界面的可能的四级结构（装配体）的结构和化学性质，其结构和化学性质以及可能的解离模式在PDB档案库中搜索由以下分子形成的特定界面 结构同系物。
   使用多种选择搜索PISA数据库中的预计算结果，例如：多聚态，对称数，空间群，可及/埋藏的表面积，离解自由能，盐桥和二硫键的存在与否，同构 类型，配体关键字使用Rasmol（Unix / Linux平台），Rastop（MS Windows机器）和Jmol（与平台无关的服务器端Java查看器）评估大分子界面的重要性（生物学作用）并可视化结构，界面和装配体
。

Pymol分析