背景知识：蛋白质的拓扑结构是指各二级结构元件（如α螺旋、β折叠等）的相继次序与其空间结构之间的关系，它也是我们将蛋白质结构进行分类、汇总以及比较的一个重要参考。同时，蛋白质的拓扑结构在对蛋白质折叠过程的研究当中也起着重要的作用。蛋白质拓扑结构最简单的表示方法就是用示意图来说明各二级结构元件和它们在空间上的相邻关系。另一种，更复杂一点的表示方法就是用氢键图来表示，它是基于各空间上相邻的二级结构元件间的氢键的图形表示。我们这里主要介绍简单的表示方法，因为它简单而且使用。

其实蛋白质的拓扑结构图对我们来说有一个实际的好处，那就是可以让我们在进一步对蛋白质进行观察和分析之前对其结构有一个总体的掌握。好了，下面进入正题——如何绘制？
之前比较有名的绘制蛋白质拓扑结构图的网站是TOPS，不过目前看来似乎一直都在维修之中，应该是不能用了。后来又有人开发了一个叫 PTGL （http://ptgl.bcbio.de）的网站，应该也不能用了吧，反正我是打不开了。

现在能找到的比较好用的网站为pro-origami（http://munk.csse.unimelb.edu.au/pro-origami/index.shtml）-->(正确网站http://munk.cis.unimelb.edu.au/pro-origami/porun.shtml 找了很久才发现网站还在），它是由澳大利亚墨尔本大学的研究人员开发的一个用于自动生成蛋白质拓扑结构图的网站。只要你提供pdb文件，它就会自动生成拓扑结构图；当然，还有一个更为方便的方法就是，如果你的的pdb文件是从pdb数据库中下载下来的话，你就可以直接从该网站已经预先生成的拓扑结构图数据库（和pdb数据库保持同步）中去检索相应的蛋白。如果你对自动生成的结果不太满意的话还可以自己进行修改（如用Inkscape软件），下面是inkscape软件的下载链接点击下载，inkscape是拖动式的，修改起来很方便，并且，Adobe公司也有类似的软件AI也可以进行处理。生成的图片是矢量的，因此完全不用担心分辨率的问题

From：http://bioms.org/

另外，完全de_novo手绘topdraw的还有TOPDRAW (CCP4: Supported Program)，关于他的介绍如下，文献在这http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/19/2/311.long

• Easy sketching of protein topologies
• Save/Open function for reusing/editing previous drawings
  
• Postscript output for printing/publication
• Runs (probably) on all common platforms (anywhere Tcl/Tkv8 will run).
• Horizontal or vertical helices and strands
• New version allows diagonal connections

Screen Shot (click for larger version):

[guanzeyuan]