2025年11月21日，蛋白质团队熊仁毅在参加“厦门华南结构生物学大会”及“咸宁生物物理会议”后，于内部交流中分享了其参会心得。

在厦门会议上，熊仁毅重点介绍了后AlphaFold时代AI驱动的多尺度生物大分子动力学模拟新进展。他指出，当前分子动力学（MD）模拟常受限于局部能量陷阱，而新型AI工具如BioEmu可通过预测多个低能构象，有效帮助模拟跳出局部最优，显著提升计算效率。此外，他还探讨了binder design中的热点识别策略，强调疏水界面与氢键区域的重要性，并提及传统工具Rifgen在热点筛选中的借鉴价值。

在咸宁生物物理会议上，熊仁毅关注到自然语言模型在细胞信号传导机制研究中的潜力。他认为，语言模型不仅能处理结构化数据，还能从海量科学文献中提取隐含知识，为生物机制预测提供新范式。