2016-11-27
【张德林】参加RNA国际会议有感
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2016年RNA Biology国际会议11月14日至18日在苏州冷泉港亚洲会议中心举行,就在苏州独墅湖世尊酒店的Waston会议厅举办,来自全世界(包括欧洲,美国,日本,台湾,大陆各高校研究所)的约300名学者和师生参加了此次会议。实验室包括我,闫俊杰,王祥,王强,官泽源和黄金波有幸参加了此次会议,聆听了近60场精彩的报告(还有半天的Poster Day)。

整体感觉此次会议质量很高,所有报告人的PPT都很精美,演讲很熟练(包括少数博士后和学生),一看都是经过精心的准备来给大家进行演讲(以前参加国际会议,有过这方面不好的体验);Poster的展讲也是,虽然人气不是那么的火爆,但是参与者都是认真的在讲解或者交流,我们实验室人员甚至待到了组织方计划的结束时间半小时以后。

这次大会我从头听到尾(除了中间处理些事情耽搁了3场报告),感觉收获良多,有些体会,挑几点讲讲。首先,现在RNA研究领域里面最热的显然非剪接体(Spliceosome)和CRISPR系统莫属了,这一点从会议组织方的安排就能看出来。先是由Holger Stark作为Keynote Speaker给了一个40+10分钟的报告(他专门做人Spliceosome),然后由Nagai的学生Galej(目测欧洲人)给了一个20+10分钟的报告(实验室之前在组会上面讲过Nagai的系列文章,他和一公两个人解了现在已发表的酵母Spliceosome的所有结构,一公这次没来),然后芝加哥大学的何川给了一个20+10分钟的报告(感觉他的报告应该放在RNA Modification专题讲更好,可能是组委会为了致敬他,所以排在第一天晚上讲),第一天结束。

第二天早上的报告就是CRISPR和Chromatin Biology专场了。大家都知道,CRISPR的热度有多大,应用有多广,我不赘述了。首先是CRISPR的发现者之一,Emanuelle Charpentier(颜值好,学术佳)做了一个40+10分钟的报告,然后是Jeniffer D的学生Martin Jinek(现已经是Zurich大学的独立PI,之前讲过他的文章)给了一个20+10分钟的报告。生物物理所的王艳丽研究员给了一个10分钟的报告。这几个报告都是讲CRISPR的功能和结构,报告人来自于这个领域里面做的最好的实验室(张峰没来)。由于讲的都是之前实验室讨论过的文献,所以Follow起来相对比较轻松。王艳丽研究员实验室解的Cas1-Cas2-DNA复合物结构再一次加深了我的印象;还有一个Cas1-Cas2-Crf3(噬菌体来源蛋白)复合物,讲的是噬菌体蛋白Crf3对抗细菌的CRISPR系统的分子机制,挺有意思(刚发表在Cell Res上)。
其次,现在做Alternative Splicing(AS)的课题组很多:有针对AS设计药物的课题组,比如这次会议的两位Host,来自冷泉港实验室的Adrian和来自日本京都大学的Hagiwara,他们各自开发了小分子药物来针对由于错误的AS引起的疾病。Adrian实验室开发了一个药物叫做Nusinersen,已经进入临床三期,治疗SMA(Spinal Muscular Atrophy),效果显著。

还有很多课题组做与AS相关的cis和trans元件的鉴定和筛选工作的,有些侧重于方法,有些侧重于某个具体的基因位点的研究工作。因为不是我的领域,所以只是在听完以后更新了我的一些概念,原来真核生物中mRNA的成熟受到了太多的cis(enhancer等序列)和tans因子(miRNA或蛋白等)的调控和影响,甚至RNA的甲基化也会对AS照成影响(记不太真切了)。

lncRNA和环状RNA也是此次RNA会议的热点之一。其中不得不提的是Caroline Dean(我以前一直认为她是研究植物体内的核酸修饰的),她课题组做了非常系统的与植物开花调控(FLC位点)相关的研究,其中涉及到一个她们命名为COOLAIR的LncRNA:这个LncRNA的神奇之处在于,它既能翻译出蛋白,又可以形成sense和anti-sense的RNA,调控相关基因的转录(翻译?),而且对于FLC位点的调控还与核酸上面表观遗传学修饰密切相关,这些调控与春化(vernalization)相关基因密切相关。那么,Dean课题组既研究LncRNA,又做表观遗传学研究,两者很好的结合在一起了。

还有一个报告人给我留下了深刻的印象,上海生化与细胞所的陈玲玲研究员,她研究领域是长的非编码RNA(lncRNA)和干细胞。报告具体内容记不清了,但是有个模式图印象非常深刻:一段snoRNA的二级结构在转录出来的RNA中间,RNA的5′端逐渐被胞内的Xrn外切酶降解,当外切酶到达snoRNA所在的区域时,再也切不动了,剩下的RNA得以继续保存。这种snoRNA具体的功能是否只是抵抗酶切,不得而知。由于之前我做帽子结构降解,我就想,这种结构是否也算是RNA的一种帽子?who is responsible for degradation of the snoRNA second structure?她还做了一系列的lncRNA的工作,Molecular Cell上面一篇封面的工作令人印象深刻,两只不同颜色的凤凰组成了一个太极图,中国传统文化特色。

蛋白的翻译和RNA密不可分,此次会议中并未有太多与核糖体或者翻译相关的工作,但仍有所涉猎。我比较关注的蛋白翻译起始和mRNA降解也有几个课题组给了报告,只在文献中看到过的两种mRNA降解途径NMD(Nonsense mediated decay)和GRD分别由两个课题组介绍了相关的工作,在他们的PPT展示的模式图当中不止一次的出现了翻译起始复合物TF4A,TF4B,TF4G和TF4E,其中TF4E可以识别mRNA5’端的m7G帽子;相对应的,还有一些种类的mRNA可以通过不依赖m7G帽子的途径来起始翻译(之前我讲过JC)。模式图中还有一个令我印象深刻的是,mRNA3’端的PolyA尾巴上面的PABP(PolyA Binding protein)通过调控蛋白与翻译起始复合物连在一起,mRNA转了一大圈其实是一个开放的环状,这更新了我头脑中的翻译模式图。关于对mRNA加帽和去帽影响其稳定性的工作没有听到有人提及。

此次报告还有很多做生物信息学的课题组参加,他们研究的范围基本涵盖了上面以实验为主的课题组的研究领域,包括lncRNA(预测基因组内lncRNA位点、预测lncRNA翻译小肽的数据库等)、RNA的可变剪接预测、siRNA、snoRNA等,因非我熟悉领域,仅能管中窥豹。另外,还有一些从事方法学研究(包括实验方法、分析预测等)的课题组分享自己的工作。我关注的杰出华人科学家付向东教授这次讲诉的是,他们实验室开发的对胞内mRNA可变剪接进行测定的一种新方法,具有高通量,自动化等优点。利用这种方法,他们成功的调出了一些和剪接相关的重要蛋白和RNA,并进行了验证。还有令我印象深刻的是,付老师向教科书发起了挑战,他的一项与RNA聚合酶II的CTD相关研究结果,表明之前学术界公认的相关结论有可能是错的,何等霸气!

另外siRNA、miRNA、Ago、Dicer、Drasha、Piwi、PI-RNA等关键词在此次的学术报告中也是经常出现,在此不细表。

这次会议殷老师有事没参与,俊杰给了个报告,几名参会者都进行了提问,和其他参会者进行了少许交流。于我而言,收获颇丰,有可道,亦有不可道:知道RNA这个领域里面,大家都在关注什么,开阔了眼界;大会上用英文提问,增加了胆量;参加了国际学术大会,提升了格调;看到这么多课题组做的这么好,感受到了压力和动力。除了听会,还抽空游览了昔日吴国旧地,虎丘剑池,虎丘斜塔,2400多年历史的苏州老城区里的山塘街。此次苏州之行,不虚!